Rintisan awal berdirinya MAN Tambakberas Jombang, telah dimulai sejak tahun 1954, dengan nama Madrasah Mu’alimin (Mu’allimat) Atas 4 tahun atau MMA yang didirikan oleh para Ulama dan diprakarsai oleh Al-Maghfurlah KH. Fatah Hasyim. Ciri khas utama MMA adalah merupakan lembaga pendidikan Pondok Pesantren dengan mengutamakan kajian kitab-kitab kuningnya dan berada di lingkungan Pondok Pesantren Bahrul Ulum Tambakberas Jombang Jawa Timur.
Seiring dengan perhatian Orang Tua / Wali murid dari tahun ke tahun semakin bertambah pesat, ini ditandai dengan semakin banyaknya siswa-siswi yang berdatangan dari berbagai penjuru Indonesia, pemikiran-pemikiran inovatif terus dilakukan. Untuk peningkatan mutu, dimunculkan gagasan menambah masa studi, dari 4 tahun menjadi 6 tahun, dan diberi nama Madrasah Mu’allimin Muallimat Atas 6 Tahun (MMA).
Seiring dengan kemajuan Madrasah dan tuntutan peningkatan mutu pendidikan nasional, maka pada tahun 1969 berdasarkan SK. Menag No. 23 Tanggal 4 Maret 1969, Madrasah Mu’allimin Mu’allimat Atas di Negerikan dengan perubahan kelas 1, 2, 3 menjadi Madrasah Tsanawiyah Agama Islam Negeri (MTsAIN), dengan kepala sekolah Bapak Drs. H. Moh. Syamsul Huda As, SH., dan kelas 4, 5, 6 menjadi Madrasah Aliyah Agama Islam Negeri (MAAIN), dengan kepala Al Maghfurlah KH. Al Fatich Abd. Rohim.
Pada tahun 1980, MAN memiliki 3 (tiga) program jurusan, yaitu: program Agama, IPA dan IPS. Pada tahap berikutnya, muncul kebijakan baru dari Depag RI yang menghapus program Agama, maka MAN Tambakberas merespon perubahan itu dengan mengganti program baru, yaitu bahasa. Sampai sekarang ini MAN Tambakberas Jombang membuka program jurusan Bahasa, IPA (kelas Unggulan, Reguler, dan program ketrampilan) dan IPS.
Dalam perkembangan berikutnya, agar Madrasah Aliyah Negeri (MAN) benar-benar dapat melaksanakan kurikulum Depag RI secara penuh dan Madrasah Mu’allimin Mu’allimat atas (MMA) tetap berjalan sesuai ciri khas utama Pondok Pesantren, yaitu kurikulum yang lebih banyak memporsikan kajian kitab-kitab kuning, maka Madrasah ini dipisahkan menjadi MMP dan MTsAIN (setingkat SLTP) dan MMA dan MAAIN (setingkat SMA). Dengan adanya pemisahan ini maka MAN Tambakberas Jombang dapat lebih fokus dalam pembinaan dan menjadi semakin berkembang hingga saat ini.
Pada tahun 1980 terjadi alih tugas kepimpinan, Bapak KH. Ach. Al Fatich Ar. ditugaskan menjadi kepala MTsAIN dan Bapak Drs. KH. Moh. Syamsul Huda As. SH menjadi kepala Madrasah Aliyah Agama Islam Negeri (MAAIN) yang sekarang menjadi MAN (Madrasah Aliyah Negeri).
Pada tahun 1980, MAN memiliki 3 (tiga) program jurusan, yaitu: program Agama, IPA dan IPS. Pada tahap berikutnya, muncul kebijakan baru dari Depag RI yang menghapus program Agama, maka MAN Tambakberas merespon perubahan itu dengan mengganti program baru, yaitu bahasa. Sampai dengan sekarang ini MAN Tambakberas Jombang memiliki program jurusan: Bahasa, IPA (kelas Unggulan, Reguler, dan program ketrampilan) dan IPS.
Hingga saat ini MAN Tambakberas telah melalui 5 periode kepemimpinan, beliau adalah:
1. Bapak KH Ach. Alfatich AR. (Alm)
2. Bapak Drs. KH Moh. Syamsul Huda AS, SH, M.Hi.
3. Bapak Drs. H. Abd. Madjid.
4. Bapak Drs. H. Moh. Azam, M.Sc.
5. Bapak Drs. H. Ahsan Sutari, M.Pd.